以色列司法部是以色列知识产权行政保护的主要主管机关。司法部下设专利局（也称“专利、设计和商标办公室”），专利局是国家对知识产权行使保护与审批管理职责的部门。

过去，以色列的知识产权管理曾一度落后于世界水平。知识产权管理机构的低水平和低效率已经阻碍了本国企业和发明人以及外国投资者寻求知识产权保护的热情，进而制约了技术和产业的发展。大约10年前，以色列的专利受理和审查程序复杂而拖沓，尽管商标和外观设计的审查周期还算合理（通常为12个月至18个月），但专利审查周期通常需要4年以上的时间，有些领域的专利的审查周期甚至更长。由于专利的保护期为20年，审查周期过长大大损害了专利申请人的利益。

以色列专利局审查周期过长的主要原因是审查员数量不足。鉴于国际上各专利行政机关均在审查员的培训上投入了大量的时间的金钱，以色列为了实现自己的承诺，也被迫对专利局进行重大改革。2006年，以色列政府决定，以色列专利局作为一个独立的行政机关进行运作，专利局的长官是专利注册官（Registrar of Patents）。2011年，以色列专利局的法律地位被正式确定下来，它被授予了独立的行政和财政权力。

此后，以色列专利局采取了一系列措施来提高效率，增加产出。近年来，以色列专利局的所有管理部门都采取了大量的行动，缩短了等待时间，增加了产出，顺应了国际上减少专利审查等待时间的趋势。提高效率的一个重大步骤是，专利局各部门的工作逐步完成了从线下到线上的过渡。2015年6月商标部的在线工作系上线，2015年12月专利部上线，2016年7月PCT部上线，2016年12月外观设计部上线。公众可以利用这些线上系统完成所有领域、所有程序的注册服务相关事务。

在采取这些提高效率和产出的步骤之后，首次检查的平均等待时间减少了。数据显示，首次审查的平均等待时间在2006年至2014年期间急剧下降，从2006年的50.2个月下降到2014年的29.4个月。这一趋势在2015年至 2016年也在持续。截至2016年底，首次审查的平均等待时间为28.5个月，比2015年的平均等待时间减少约8％。等待第二次审查（second examination）的时间也大大缩短，从过去的数年减少到仅仅6个月。同时，包括专利申请在内的所有部门的平均审查周期也显著缩短。

2012年专利法修订之后，以色列的专利制度进一步与国际接轨，采用早期公开延迟审查制度。现在，专利申请在提交之日起（或优先权日起）18个月即在网上公布。 而在过去，专利申请仅在被审查员认可之后才公布（也即，进入异议阶段才公布），这通常需要等数年的时间。

2009年，世界知识产权组织（WIPO）接纳以色列专利局为专利合作条约（PCT）国际检索单位和国际初步审查单位。这是以色列专利局的一个重大成就。成为PCT国际检索单位和国际初步审查单位确立了以色列在促进国际知识产权事务中的地位，表示以色列专利局在技术领域的审查能力获得了国际认可。

下表是以色列知识产权主管机构的基本信息。