新西兰知识产权局隶属于国家经济发展委员会。其管理模式是由国家经济发展委员会指定一名总干事全权负责，总干事下设知识产权法总实施组，包括总干部办公室和法律服务部的经理。国家知识产权局内部机构共分为四个部门：决策与联络部、知识产权法律服务部、受理审查服务部和综合服务部。决策与联络部负责政策法规制定、实施、监督，保证新西兰知识产权与国际法的协调与接轨；知识产权法律服务部负责为企业、团体提供各种服务；受理审查服务部负责专利、商标、外观设计等的受理、审查（含PCT专利）；综合服务部负责信息、数据库、文档、财务、后勤保障等服务。

在知识产权申请过程中产生争议和纠纷后，首先是由国家经济委员会知识产权总干事所属的总实施组组织召开听证会，争议双方当事人、代理律师和有关专家学者参加。当事人一方对听证结果不服的，可上诉至法院。